Για την ορθή και αποτελεσματική λειτουργία των Αρσακείων-Τοσιτσείων Σχολείων και τής Φιλεκπαιδευτικής Εταιρείας, λειτουργούν οι κεντρικές διοικητικές και οικονομικές υπηρεσίες.
Επικεφαλής των υπηρεσιών αυτών είναι ο Διευθυντής, ο οποίος εισηγείται στο Διοικητικό Συμβούλιο για διοικητικά και οικονομικά θέματα και αναλαμβάνει την ευθύνη για τη σωστή εκτέλεση των αποφάσεών του. Επίσης, έχει τον έλεγχο και τον συντονισμό των κεντρικών διοικητικών υπηρεσιών (Πρωτοκόλλου, Μηχανογράφησης, Πολυμέσων και Διαδικτύου, Λογιστηρίου, Μισθοδοσίας, Διδάκτρων, Προμηθειών και Γραμματειών, τής Νομικής Υπηρεσίας, τής Τεχνικής Υπηρεσίας και των Δημοσίων Σχέσεων), τής Στοάς τού Βιβλίου και των διοικητικών υπηρεσιών των Σχολείων (γραμματέων, νοσηλευτικού προσωπικού, βιβλιοθηκονόμων, εργατοτεχνικού προσωπικού).
Σε κάθε σχολικό συγκρότημα υπάρχει Προϊστάμενος, ο οποίος έχει την ευθύνη τού εργατοτεχνικού προσωπικού και τη γενική φροντίδα των χώρων, και γραφείο Κινήσεως για τη μεταφορά των μαθητών από και προς το Σχολείο, υπηρεσίες που ανήκουν στη Διεύθυνση Διοικητικών Υπηρεσιών.
